I skärgården finns ett flertal vandrarhem utspridda mellan Örskär i norr och Landsort i söder. Alla vandrarhem på Skärgårdsstiftelsens mark, utom Tullhuset på Huvudskär, drivs av entreprenörer som arrenderar anläggningarna. Därför går det inte att boka boende genom genom oss. Det gör du istället direkt med vandrarhemmen. Flera av vandrarhemmen är STF-anslutna och kan bokas via deras hemsida.
Örskär
Arholma
Lidö
Fejan
Riddersholm
Finnhamn
Träskö-Storö (Stora Kalhomen)
Grinda
Gällnö
Rögrund
Skärgårdsstiftelsen har några boenden som sköts i egen regi. Lotshuset och Tullhuset på Ålandsskär (Huvudskär) samt Norrötorpet på Fjärdlång.
Vandrarhem
Lotshuset och Tullhuset på Huvudskär
Stugor
Norrötorpet på Fjärdlång