I skärgården finns ett tjugotal vandrarhem utspridda mellan Örskär i norr och Landsort i söder. Alla vandrarhem på Skärgårdsstiftelsen mark, utom Tullhuset på Huvudskär, drivs av entreprenörer som arrenderar anläggningarna. Därför går det inte att boka boende genom genom oss. Det gör du istället direkt med vandrarhemmen. Flera av vandrarhemmen är STF-anslutna och kan bokas via deras hemsida.
Örskär
Arholma
Lidö
Fejan
Riddersholm
Finnhamn
Träskö-Storö (Stora Kalhomen)
Grinda
Gällnö
Rögrund
Skärgårdsstiftelsen har fyra boenden som sköts i egen regi. Lotshuset och Tullhuset på Ålandsskär (Huvudskär), Norrötorpet på Fjärdlång samt torpet i Norrviken på Björnö.
Vandrarhem
Tullhuset på Huvudskär
Stugor
Lotshuset (två lägenheter) på Huvudskär
Norrötorpet på Fjärdlång
Norrviken på Björnö